Die E2E-Verschlüsselung von WhatsApp hat alle nötigen Schlüssel auf dem Server. Selbstverständlich kann Meta das mitlesen und auswerten.
Damals als deren Messengersystem kurzzeitig per XMPP erreichbar war hatten die Leute tatsächliche E2E-Verschlüsselung benutzt und sie konnten es nicht mitlesen und auswerten, daher wurde der XMPP-Zugriff wieder abgeschaltet.